Sáng 12/5, Quốc hội thảo luận dự thảo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp. Ông Hoàng Văn Cường, Ủy viên Ủy ban Kinh tế và Tài chính nêu thực tế các đơn vị y tế, giáo dục công lập, tự chủ hiện nay vẫn phải chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, không được để lại nguồn cho đầu tư phát triển hạ tầng.
"Việc các đơn vị này không được miễn thuế là chưa phù hợp", ông Cường nói.
Theo đại biểu, những cơ sở công lập này được nhà nước đầu tư, giá trị tài sản không được khấu hao đầy đủ. Phần chênh lệch thu chi thực chất không phải thu nhập mà là phần khấu hao còn lại. Vì vậy, khoản này phải được giữ lại tái đầu tư phát triển. Nhưng thực tế, họ phải nộp thuế nên không có nguồn tái đầu tư.
Chưa kể, việc nộp thuế được tính trên doanh thu (2%). Kết quả là học phí, viện phí tăng, người bệnh, học sinh phải chi trả thêm. Trong bối cảnh đang có chủ trương miễn học phí và viện phí, ông Cường cho rằng việc thu thuế là không đồng bộ.
"Các hoạt động của đơn vị y tế, giáo dục công lập cần đưa vào đối tượng không chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ các đơn vị liên doanh liên kết", ông Cường nói.

Ông Hoàng Văn Cường, Ủy viên Ủy ban Kinh tế và Tài chính phát biểu tại phiên thảo luận, ngày 12/5. Ảnh: Giang Huy
Cũng nêu thực tế này, ông Nguyễn Lân Hiếu, Giám đốc Bệnh viện Đại học Y Hà Nội cho hay cơ quan thuế hiện chỉ căn cứ vào chữ "dịch vụ" để thu thuế. Lý do là, trong hệ thống y tế có khái niệm thu từ dịch vụ sự nghiệp công.
"Vì vậy, đa số các nguồn thu của bệnh viện công tự chủ hiện nay đều bị đánh thuế", ông Hiếu thông tin.
Bấm nút tranh luận, Phó chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế và Tài chính Nguyễn Vân Chi, cho biết, theo cơ chế hiện hành, đơn vị sự nghiệp công lập chỉ nộp thuế với khoản kinh doanh thêm, như liên doanh, liên kết bên ngoài với mức thu 2%. Các khoản như viện phí, học phí của bệnh viện, trường học công lập đang tự chủ không trong diện chịu thuế.
Tranh luận lại, ông Hoàng Văn Cường thừa nhận giải thích của đại biểu Vân Chi là đúng. Tức là, luật hiện hành quy định các đơn vị như trường học, bệnh viện sử dụng ngân sách sẽ không phải chịu thuế. Còn đơn vị tự chủ, không dùng ngân sách thì lại trong diện chịu thuế.
"Vì thế các khoản học phí, viện phí của trường học hay bệnh viện tự chủ kinh phí đều bị đánh thuế toàn bộ", ông Cường nói, đề nghị sửa lại quy định này cho phù hợp thực tế.

Bà Nguyễn Vân Chi, Phó chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế và Tài chính, tranh luận tại phiên thảo luận ngày 12/5. Ảnh: Giang Huy
Từ thực tế hiện nay, ông Nguyễn Lân Hiếu đề nghị bổ sung quy định, đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực y tế được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp với khoản thu dịch vụ khám chữa bệnh chưa tính đủ các chi phí hình thành giá (nhân công, khấu hao thiết bị y tế, tài sản cố định, chi phí quản lý...).
Lý giải đề xuất này, Giám đốc Bệnh viện Đại học Y Hà Nội cho biết mức giá dịch vụ với hoạt động theo chức năng, nhiệm vụ được Nhà nước giao chưa được tính đủ các yếu tố. Do đó, bệnh viện sẽ không đủ để trang trải các chi phí phát sinh, không có lợi nhuận để nộp thuế.
Hơn nữa, dịch vụ khám chữa bệnh theo mức giá do Bộ Y tế và HĐND tỉnh quy định thuộc khoản "thu từ hoạt động dịch vụ sự nghiệp công", không phải dịch vụ "thu từ sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ".
Giải trình sau đó, Bộ trưởng Tài chính Nguyễn Văn Thắng cho biết hiện nhiều đơn vị sự nghiệp công lập, cung cấp dịch vụ dùng ngân sách hoặc một phần ngân sách. Ông cho hay trường hợp các đơn vị sự nghiệp công lập (như y tế, đào tạo...) tự quyết giá dịch vụ theo thị trường, khoản thu nhập này phải chịu thuế là hợp lý.
Với đơn vị sự nghiệp công dùng kinh phí Nhà nước, giá dịch vụ cung ứng chưa tính đủ chi phí, ngân sách hỗ trợ một phần trong cơ cấu giá. Các hoạt động này, Bộ trưởng Thắng đánh giá không tạo ra lợi nhuận, nên có thể được hưởng ưu đãi, miễn thuế.
"Cơ quan soạn thảo đã tính toán hết, đưa vào dự thảo và tiếp tục nghiên cứu điều chỉnh, đảm bảo phù hợp thực tế, quyền và lợi ích hợp pháp đơn vị sự nghiệp công lập và không thất thoát thuế, ngân sách", ông Thắng nói.
Anh Minh